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2025년 직무발명보상제도: 일반 임직원 vs. 특수관계인 완벽 정리
1. 제도 개요
- 발명진흥법 제15조는 종업원이 만든 직무발명을 회사가 승계할 때 정당한 보상을 지급하도록 의무화한다.
- 이 보상금은 조세특례제한법상 연구‧인력개발비로 인정돼 법인세 세액공제(중소기업 25 %)까지 받을 수 있다.
2. 2025년 세법 기준 핵심 비교
| 항 목 | 일반 임직원 | 특수관계인* |
| 비과세 한도 | 연 700 만원. | 없음 – 전액 과세. |
| 과세 구분 | · 재직 중: 근로소득· 퇴직 후: 기타소득(필요경비 60 %) | 동일, 단 700 만원 비과세 제외 |
| 법인 손금 | 전액 비용 인정 | 전액 비용 인정 |
| 연구·인력개발비 세액공제 | 지급액 × 25 %(중소기업) | 동일, 다만 실질 기여 입증 필요 |
| 증빙 포인트 | 사내 보상 규정·발명평가 의견서 | 지배주주와의 거래 정상가액 검증 필수 |
- *「법인세법 시행령」 제43조 제7항의 지배주주와 그 친족‧경영지배 관계자 전부 포함.
3. 절세 흐름표
| 단 계 | 법인 처리 | 일반 임직원 (비특수관계) | 특수관계인 (대표‧가족주주) |
| ① 비용 인정 | ‣ 지급액 전액을 연구‧인력개발비로 손금 처리 → 과세표준 감소 | — | — |
| ② 법인세 세액공제 | ‣ 중소기업: 지급액 × 25 %를 법인세에서 직접 차감 | — | — |
| ③ 비과세 여부 | — | 연 700 만 원까지 비과세 | 비과세 없음(2024년 개정 소득세법에 따라 제외) * |
| ④ 과세 유형 | — | 재직 중 지급: 근로소득퇴직 후 지급: 기타소득 | 재직 중 지급: 근로소득퇴직 후 지급: 기타소득 |
| ⑤ 필요경비 적용 | — | (퇴직 후 기타소득) 실제 증빙비용만 필요경비 ** | (퇴직 후 기타소득) 실제 증빙비용만 필요경비 ** |
| ⑥ 원천징수 | — | - 근로소득 부분: 연말정산- 기타소득: (지급액-필요경비) ≤ 300만 원 ➝ 22 % 원천징수·분리과세 선택> 300만 원 ➝ 22 % 원천징수 후 5월 종합소득세 합산 | 동일 |
| ⑦ 최종 효과 | - 손금 + 25 % 세액공제로 법인세 절감 | - 700 만 원까지 세부담 0- 초과분 저율 기타소득 과세 | - 근로·기타소득 전액 과세 → 개인 세부담 상대적으로 큼 |
- 2024. 1. 1. 시행 소득세법 개정으로 법인의 지배주주 등 특수관계인은 비과세 한도 적용 제외(입법취지: 사주 일가 절세 차단).
- 직무발명보상금(소득세법 §21 ① 22의 2호)은 시행령 §87 ‘60 % 필요경비율’ 적용 대상에 포함되지 않아 자동 필요경비 공제가 없고, 실제 지출을 증빙해야 한다(실제 비용이 없으면 필요경비 0 원).
4. 실무 가이드
가. 일반 임직원 활용 전략
- 보상금을 700 만원 이내로 분산 지급해 개인 과세 제로화.
- 남는 금액은 실시보상(매출 기여도 기반)으로 나눠 기타 소득 처리해 세율 22 %로 캡.
- 연구·인력개발비 세액공제 계산 시 지급 연도 비용에 25 % 적용해 바로 세액 차감.
나. 특수관계인 지급 전략
- 비과세가 없으므로 급여·배당·보상금 중 유리한 항목을 시뮬레이션.
- 보상금으로 지급하려면· 보상액이 업계 통상이거나 외부 가치평가 결과와 일치해야 가산세 위험 최소화.
- 발명 노트·회의록 등 실질 기여 증빙 확보.
다. 혼합 설계 팁
- 외부 연구원이나 내부 비특수관계 연구인력을 공동발명자로 등재해 비과세·세액공제 효과를 극대화.
- 대표 일가가 기술 개발 주도 시 특허권을 법인이 아닌 개인 명의로 먼저 확보한 뒤, 기술이전 계약을 통해 로열티 구조로 과세 이연을 검토.
5. 도입 절차 체크리스트
- 직무발명보상 규정 제·개정 → 이사회·주주총회 의결.
- 발명 신고·평가·보상 프로세스(위원회) 구축.
- 매 건마다 평가보고서·보상 결정서 보관.
- 법인세 신고 시 ‘연구·인력개발비 세액공제 명세서’ 첨부.
- 개인 원천징수: 700 만원 초과분(또는 전액) 결정·납부.
6. 자주 묻는 질문
Q. 배우자가 직원으로 등재돼 있지만 지배주주 친족이면?
A. 특수관계인에 해당하므로 700 만원 비과세 불가.
Q. 대기업도 25 % 공제인가?
A. 아니다. 중견 8 %, 일반기업은 0~8 % 등 차등 적용된다.
Q. 세액공제 후에도 최저한세가 적용되나?
A. 연구·인력개발비 공제액은 최저한세 계산 시 일부 가산 대상이므로, 공제액 전부를 못 쓸 수 있다.
7. 마무리
2025년 현재 직무발명보상제도의 세제 혜택은 “일반 임직원 700 만원 비과세 + 법인 25 % 세액공제” 구조가 핵심이다. 반면 대표·가족 등 특수관계인은 비과세가 배제되므로 보상금 지급 목적과 규모를 다시 설계해야 한다. 규정‧증빙만 제대로 갖추면 R&D 인센티브와 절세 효과를 동시에 확보할 수 있다.
