2025년 직무발명보상제도: 일반 임직원 vs. 특수관계인 완벽 정리

1. 제도 개요

발명진흥법 제15조는 종업원이 만든 직무발명을 회사가 승계할 때 정당한 보상을 지급하도록 의무화한다.
이 보상금은 조세특례제한법상 연구‧인력개발비로 인정돼 법인세 세액공제(중소기업 25 %)까지 받을 수 있다.

2. 2025년 세법 기준 핵심 비교

항 목	일반 임직원	특수관계인*
비과세 한도	연 700 만원.	없음 – 전액 과세.
과세 구분	· 재직 중: 근로소득· 퇴직 후: 기타소득(필요경비 60 %)	동일, 단 700 만원 비과세 제외
법인 손금	전액 비용 인정	전액 비용 인정
연구·인력개발비 세액공제	지급액 × 25 %(중소기업)	동일, 다만 실질 기여 입증 필요
증빙 포인트	사내 보상 규정·발명평가 의견서	지배주주와의 거래 정상가액 검증 필수

*「법인세법 시행령」 제43조 제7항의 지배주주와 그 친족‧경영지배 관계자 전부 포함.

3. 절세 흐름표

단 계	법인 처리	일반 임직원 (비특수관계)	특수관계인 (대표‧가족주주)
① 비용 인정	‣ 지급액 전액을 연구‧인력개발비로 손금 처리 → 과세표준 감소	—	—
② 법인세 세액공제	‣ 중소기업: 지급액 × 25 %를 법인세에서 직접 차감	—	—
③ 비과세 여부	—	연 700 만 원까지 비과세	비과세 없음(2024년 개정 소득세법에 따라 제외) *
④ 과세 유형	—	재직 중 지급: 근로소득퇴직 후 지급: 기타소득	재직 중 지급: 근로소득퇴직 후 지급: 기타소득
⑤ 필요경비 적용	—	(퇴직 후 기타소득) 실제 증빙비용만 필요경비 **	(퇴직 후 기타소득) 실제 증빙비용만 필요경비 **
⑥ 원천징수	—	- 근로소득 부분: 연말정산- 기타소득: (지급액-필요경비) ≤ 300만 원 ➝ 22 % 원천징수·분리과세 선택> 300만 원 ➝ 22 % 원천징수 후 5월 종합소득세 합산	동일
⑦ 최종 효과	- 손금 + 25 % 세액공제로 법인세 절감	- 700 만 원까지 세부담 0- 초과분 저율 기타소득 과세	- 근로·기타소득 전액 과세 → 개인 세부담 상대적으로 큼

2024. 1. 1. 시행 소득세법 개정으로 법인의 지배주주 등 특수관계인은 비과세 한도 적용 제외(입법취지: 사주 일가 절세 차단).
직무발명보상금(소득세법 §21 ① 22의 2호)은 시행령 §87 ‘60 % 필요경비율’ 적용 대상에 포함되지 않아 자동 필요경비 공제가 없고, 실제 지출을 증빙해야 한다(실제 비용이 없으면 필요경비 0 원).

4. 실무 가이드

가. 일반 임직원 활용 전략

보상금을 700 만원 이내로 분산 지급해 개인 과세 제로화.
남는 금액은 실시보상(매출 기여도 기반)으로 나눠 기타 소득 처리해 세율 22 %로 캡.
연구·인력개발비 세액공제 계산 시 지급 연도 비용에 25 % 적용해 바로 세액 차감.

나. 특수관계인 지급 전략

비과세가 없으므로 급여·배당·보상금 중 유리한 항목을 시뮬레이션.
보상금으로 지급하려면· 보상액이 업계 통상이거나 외부 가치평가 결과와 일치해야 가산세 위험 최소화.
발명 노트·회의록 등 실질 기여 증빙 확보.

다. 혼합 설계 팁

외부 연구원이나 내부 비특수관계 연구인력을 공동발명자로 등재해 비과세·세액공제 효과를 극대화.
대표 일가가 기술 개발 주도 시 특허권을 법인이 아닌 개인 명의로 먼저 확보한 뒤, 기술이전 계약을 통해 로열티 구조로 과세 이연을 검토.

5. 도입 절차 체크리스트

직무발명보상 규정 제·개정 → 이사회·주주총회 의결.
발명 신고·평가·보상 프로세스(위원회) 구축.
매 건마다 평가보고서·보상 결정서 보관.
법인세 신고 시 ‘연구·인력개발비 세액공제 명세서’ 첨부.
개인 원천징수: 700 만원 초과분(또는 전액) 결정·납부.

6. 자주 묻는 질문

Q. 배우자가 직원으로 등재돼 있지만 지배주주 친족이면?
A. 특수관계인에 해당하므로 700 만원 비과세 불가.

Q. 대기업도 25 % 공제인가?
A. 아니다. 중견 8 %, 일반기업은 0~8 % 등 차등 적용된다.

Q. 세액공제 후에도 최저한세가 적용되나?
A. 연구·인력개발비 공제액은 최저한세 계산 시 일부 가산 대상이므로, 공제액 전부를 못 쓸 수 있다.

7. 마무리

2025년 현재 직무발명보상제도의 세제 혜택은 “일반 임직원 700 만원 비과세 + 법인 25 % 세액공제” 구조가 핵심이다. 반면 대표·가족 등 특수관계인은 비과세가 배제되므로 보상금 지급 목적과 규모를 다시 설계해야 한다. 규정‧증빙만 제대로 갖추면 R&D 인센티브와 절세 효과를 동시에 확보할 수 있다.